BB姬
还是那个我，马上开学，今天给大家推送两个新冠的新闻，手机编辑发帖不易，不喜勿喷。另外，以后还是发减肥相关的文章了，我也不知道病毒哪儿来的，只是有paper这么说了，咱就这么说了，有些大佬持反对意见，咱没意见，有paper支持的话，您也发出来doi，咱们一起读读paper，您发帖艹的时候，私信我一下，我看下paper给您前排点赞，没关系的。
1.新冠病毒可能在人群中进化了长达7年之久
这是一个很有意思的事情，一开始，所有的国家都认为新冠病毒的起源是来自于19年的中国武汉，后来陆续有别国报道出新的新冠来源。
6月18日意大利的国家高等卫生研究院在官网发布报告指出，在去年12月米兰和都灵以及今年1月博洛尼亚的废水样本中检测出了新冠病毒的遗传物质。
随后，西班牙也从废水中检测出新冠病毒，时间居然可追溯到去年3月。据新华社6月28日报道，巴塞罗那大学肠道病毒小组的研究人员对当地2018和2019年的废水样本做了检测，结果发现在去年3月12日采集的废水中已有新冠病毒的踪迹，但病毒水平非常低，其他所有样本的检测结果均为阴性。
巴塞罗那在2019年3月12日采集的废水中检测出新冠病毒
领导该研究小组的生物学教授阿尔韦特·博什认为，虽然样本已用尽，不可重复实验，但他们在操作过程中避免了交叉感染的可能性，因此这一研究结果表明世界其他地区很可能也发生了类似情况，即许多新冠病例或因被误诊为流感病例而被掩盖。目前美国、荷兰等国也在开展这类研究，以期追溯病毒可能的流行时间，并探索废水定点监测在应对流行病中的价值。
而近期一项针对新冠病毒的系统发育分析在S蛋白进化角度提示我们，新冠病毒可能已经在人群中发展进化了至少7年。
作为百年一遇的大流行病，新冠以高传染性“突然”出现。以前的系统发育分析显示，其已知的最接近的进化亲属是一种从蝙蝠中分离出来的病毒(RaTG13)，因此人们普遍认为新冠病毒也是从人畜共患病的祖先病毒进化而来，并通过基因突变[可能是在Spike蛋白受体结合域（RBD）中]后具备感染人类的能力。
那么新型病毒究竟具体是在何时获得识别、结合并首次进入人体细胞的能力的？加拿大卡尔加里大学（University of Calgary）的研究人员在2020年6月22日发表在预印本服务器bioRxiv*上的一项新研究中讨论了这个问题。
研究人员使用详细的系统发育分析、祖先序列重建和分子动力学模型来研究新冠病毒Spike-RBD尖峰蛋白的功能进化，以确认Spike-RBD尖峰蛋白变体与ACE2受体亲和力的起源。
结果显示，初步的系统发育分析与之前的研究保持了一致——该病毒与蝙蝠冠状病毒（RaTG13）基因组相似度为96%，与穿山甲-CoV基因组相似度为90%。
研究对2019年12月30日至2020年3月20日收集的479个新冠病毒序列进行更详细的分析，结果发现16个变体。其中，有11个是发生在5%或更多病例中的错义突变，而且每个变体都有自己的系统发育路线。
然后，研究人员试图重建Spike-RBD区域的祖先序列，这样他们就可以确定具体驱动其最近适应人类宿主的重要突变。他们重建了所有感染人类的病毒株的共同祖先Spike-RBD序列，称为N1，将与其最接近的动物病毒RaTG13的共同祖先标记为N0。N1与新冠参考序列中的Spike-RBD相同，而N0的Spike-RBD序列是唯一的，反映了新冠病毒来源的独特性。
两者在4个位点上有所不同，分别是t346R、t372A、h/y498Q和n519H，这四个变化将进化的新冠病毒Spike蛋白与和RaTG13的共同祖先区分开来，而这个祖先病毒至少在2013年就已经存在了（其后代RaTG13在那一年被分离出来），这意味着N0和N1之间至少涵盖了7年的分子进化。
N0和当前Spike-RBD序列的功能差异是什么？研究人员从X射线晶体结构入手，对Spike-RBD-hACE2复合物进行了模拟实验，显示当N0变为N1时，该复合物的自由结合能下降。因此，N0变为N1实际上降低了Spike-RBD结合ACE2受体的亲和力。
这表明，N0株出乎意料地比N1株具有更大的结合亲和力。那么为什么直到最近才作为一个公共卫生问题出现？一种可能是，Spike-RBD虽能与ACE2受体结合，但可能需要其他分子成分帮助获得新的功能后，才能感染人类。第二种可能是，这种病毒可能在过去较长的时间内都能感染人体细胞，但其祖先形式要么导致的临床症状不那么明显，要么其传染性要小得多（只影响少数人），无论哪种情况，都逃脱了公共卫生系统的监测，而西班牙、意大利的污水检测的结果似乎支持这种说法。
2.未感染人群体内也能检测出新冠抗体？
由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的新冠肺炎（COVID-19）目前仍在全球范围内大流行。目前除SARS-CoV-2外，已知有六种冠状病毒可感染人类，并且这些病毒都会在感染的患者中触发抗体和T细胞反应。由于先前病原体诱导的记忆T细胞可影响后续人们对病毒的易感性和临床严重性，因此了解人体中可能存在的识别SARS-CoV-2的记忆T细胞极为重要。
2020年7月15日，来自杜克-新加坡国立大学医学院的研究团队在《Nature》上发表了COVID-19的最新研究成果，首次揭示了COVID-19恢复期中SARS-CoV-2的结构性（核衣壳蛋白，NP）和非结构性（ORF1的NSP-7和NSP13）区域的T细胞应答，发现了可识别NP蛋白的CD4和CD8T细胞的存在。意外的是，在未感染人群中也检测到了该SARS-CoV-2特异性T细胞，而且SARS康复患者中的特异T细胞与SARS-CoV-2 具有强大交叉反应性。这表明，β冠状病毒感染可诱导人体产生对结构蛋白NP的多特异性和持久的T细胞免疫。
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2550-z
为研究SARS-CoV-2特异性T细胞，研究人员从轻度到重度COVID-19康复个体中收集了共36份外周血，研究了细胞对SARS-CoV-2蛋白质组的选定结构性（核衣壳蛋白-NP）和非结构蛋白的反应，这两种蛋白在不同的β冠状病毒之间高度同源甚至完全同源。研究人员发现，在几乎所有个体中，其外周血单个核细胞（PBMC）均可以针对SARS-CoV-2的多个区域识别出NP特异性应答，并且从中检测到清晰的CD4和/或CD8 T细胞群，产生IFN-γ和/或TNF–α。
随后，研究人员对这种获得性免疫是否能够持久进行了探索。他们从23名SARS康复的患者中收集了SARS-CoV-1感染后17年的PBMC，并测试了它们是否仍然具有对SARS-CoV-1具有反应性的细胞，以及这些细胞是否对SARS-CoV-2具有交叉反应性。
结果表明，在SARS康复17年后，人体内仍然存在对SARS-CoV-1产生IFN-γ反应的特异性T细胞，并且几乎只集中在NP区域。其中，有7份PBMC对SARS-CoV-2 NP肽会产生反应性细胞的清晰而坚固的扩增，即对SARS-CoV-2具有交叉反应性。这表明，由β冠状病毒感染引起的病毒特异性T细胞是长期存在的，而相关的病毒感染后产生的持久性T细胞或许能够预防或改变SARS-CoV-2感染引起的病理。
为了探索这种可能性，研究人员在37位SARS-CoV-1 / 2未暴露的个体中检测了其对SARS-CoV-2的NP和NSP7 / 13肽的反应性IFN-γ反应，发现有19位可检测到SARS-CoV-2特异性IFN-γ反应，即SARS-CoV-2特异性T细胞。进一步研究发现，未感染人员中的SARS-CoV-2 T细胞表现出不同的免疫优势模式，主要以NP结构蛋白和ORF-1编码的蛋白NSP7和13为靶点。NSP7特异性T细胞的表位表征显示与“普通感冒”人类冠状病毒具有低同源性的蛋白质片段的识别，但在动物β冠状病毒中是保守的。
研究人员表示，这项研究有助于了解一般人群中现存的NP和ORF-1特异性T细胞如何影响SARS-CoV-2感染的易感性和发病机理，这对于当前COVID-19大流行的管理至关重要。
[ 此貼被大噶在2020-07-20 16:02重新編輯 ]
